「馬偕博士收藏台灣原住民文物─沉寂百年的海外遺珍」特展中，共規劃出八項單元，引領大家一同進入馬偕故事及其收藏世界，主題如下： 一、特展緣起 二、誰是馬偕博士？ 包括：馬偕博士─偕叡理牧師的一生、年譜、家族系譜、性格、馬偕博士在台灣、馬偕時期的淡水與台灣教會、宣教、醫療、興學。 三、台灣第一家博物館？ 包括：馬偕紀念文物、馬偕的博物室─牛津學堂標本室、馬偕的收藏特色─加拿大皇家安大略博物館之館藏品。 四、馬偕到過那些原住民聚落？ 包括：馬偕傳記及日記中的台灣原住民分類、馬偕接觸的原住民聚落、馬偕與北部平埔族。 五、馬偕收藏那些原住民文物？ 包括：北部平埔族的儀式盛裝與配飾、南勢阿美、泰雅與賽夏族的服飾。 六、原住民的信仰祭儀知多少？ 包括：泰雅族與賽夏族的首儀禮、噶瑪蘭的靈魂觀與治病儀式、巫珠占卜、自然崇拜與獸骨祭祀、神像。 七、您認識原住民的日常生活用具？ 包括：編網與編籃、水平背帶織布機、苧麻布與香蕉布、煙捲與煙斗、口簧琴與口笛、火藥筒與皮袋、子彈袋、台灣早期住民的舟楫。 八、記念馬偕 「淡水─馬偕」情、記念馬偕逝世百週年活動、馬偕研究相關資料。